Nicht immer bietet der Nutri-Score optimale Ergebnisse. Leckerer Käse ist meist fettreich und hat deshalb nicht den besten Nutri-Score. Der GOLDSTEIG Käse enthält beispielsweise neben seinem guten Geschmack auch viel Calcium, was gut für den Erhalt von Knochen und Zähnen ist. Jedoch wird der Calciumgehalt nicht im Nutri-Score berücksichtigt, ebenso wenig wie Folsäure, Eisen und Vitamin C. Auch der Eiweißgehalt ist sehr hoch, geht aber nur bedingt in den Nutri-Score ein. Trotzdem ist ein nicht unbeachtlicher Teil der GOLDSTEIG Spezialitäten mit Nutri-Score A (Protinella Kugel, Bambini Protinella Mini) und Nutri-Score C (Ricotta, Großteil der Mozzarella und Emmentaler Produkte) ausgezeichnet.

Ein weiteres Beispiel, das nicht ganz den wahren Ernährungswert widerspiegelt: Olivenöl ist wegen seiner ungesättigten Fettsäuren eigentlich gesund. Auf der Nährwertskala schneidet es aber wegen seines hohen Fettgehalts schlecht ab.